麦芽威士忌通常需要在壶式蒸馏器中至少蒸馏两次，第一次在大型蒸馏锅中进行，原酒经预热后导入到加热炉中加热至沸腾，因为酒精的沸点比水低，所以酒精会首先变成蒸汽蒸发出来，在加热炉顶部的天鹅颈（Swan Neck）重新凝结成酒精液体，冷凝后即得到了低度酒，香味复杂但粗糙。之后经过第二次蒸馏，获得酒精度在55%-60%的酒就是威士忌的雏形，经过桶陈之后就能装瓶。

是否要再通过第三次蒸馏完全取决不同的酒厂，如果想要酒精度更高柔和复杂的口感可以进行第三次蒸馏，但这样酒中的部分风味可能在此过程中消失。多数爱尔兰威士忌蒸馏三次，而多数苏格兰威士忌蒸馏两次，所以千万不能单纯的认为蒸馏次数越多，质量越高，要知道只经过两次蒸馏的Macallan 1946是世界上最好的威士忌之一，也是世界上最贵的威士忌，在2010年的拍卖上拍得46万美元的高价。