南疆主要指的是天山南部地域,这里三面环山,一面在300公里处有1,200平方公里的淡水湖,当地风沙强劲,属于戈壁滩地区,周围的山区有效减缓的风速,天气极其干燥,年降雨量70毫米,因此靠近这里的水源为葡萄园带来极大帮助,夏季最高气温可达40摄氏度,而冬天最冷可达零下25度,为了确保葡萄藤过冬,当地普遍采用埋枝的方式过冬,将葡萄枝埋入地下60公分,避免葡萄藤的霜冻。这里土壤主要为砂质土,土壤贫瘠,但极端恶略的气候有效阻止了病虫害的发生。
南疆主要酿酒葡萄种植区域为焉耆、和硕区域。焉耆盆地,地势西北高、东南低,西、北环山,焉耆酿酒葡萄栽培面积达到8万亩,重要种植品种为赤霞珠(Cabernet Sauvignon)、梅洛(Merlot)、霞多丽(Chardonnay)、贵人香(Italian Riesling)。这里葡萄酿造工业从98年开始,在2010年左右迅速发展,其中表现最为突出的是天塞酒庄和中菲酒庄。